El tratamiento de la Cardiopediatría se inicia en el período gestacional, cuando es posible detectar enfermedades del corazón. La actuación diagnóstica a través de la ecocardiografía fetal, permite a la vez realizar un intervencionismo terapéutico, especialmente en arritmias cardiacas. Desde el nacimiento, la evaluación cardiaca es imprescindible, ya que 8 de cada 1000 nacimientos pueden presentar una cardiopatía congénita. 

En esta etapa, la sospecha de cardiopatía, es hecha generalmente por el neonatólogo o pediatra, la que debe ser estudiada por el Cardiólogo Pediatra con la valoración clínica y métodos complementarios como: radiografía de tórax, electrocardiograma y con mayor especificidad, la ecocardiografía doppler flujo a color.